公司人事制度不规范带来的法律风险

基本案情
A公司是B公司的经营分支机构。甲原就职于B公司，担任B公司的法定代表人，甲在职期间根据B公司安排，担任A公司的负责人并办理了工商登记，但甲并未参与A公司的实际经营管理，A公司亦没有安排甲从事负责人职责的事宜。甲与A公司也不存在劳动关系，甲从未从A公司处领取任何工资或劳务报酬。
因工商登记负责人系公司公示登记必备事项，A公司长期将甲登记为A公司的负责人，甲经常需要应对市场监督管理部门、税务部门等的调查询问，这已实质对甲个人的工作、生活、信誉产生严重影响。通过公司内部各种救济途径，均无法变更法定代表人登记，故甲诉至法院，要求：A公司涤除原告甲作为其负责人登记事项。
本案分析：
甲虽然登记为A公司负责人，但甲称其自始未在A公司担任职务，相反，甲实际在B公司任职，在无证据证明甲在B公司任职期间实质参与过A公司经营管理且甲已从B公司离职的情况下，让甲继续担任A公司名义上的负责人，显然背离了公司法中关于设定法定代表人（负责人）制度的本意，且甲通过公司内部途径均无法实现变更法定代表人的诉求。
同时，民事主体从事民事活动，应当遵循公平原则，合理确定各自的权利义务。甲并非B公司、A公司股东，无证据证实甲与A公司之间存在劳动关系或劳务关系，亦无证据证明甲从A公司获取报酬，而现甲作为A公司的负责人，却要依法承担其作为负责人的相应责任，显然有失公允。